Klieken besitzt die größte reine Fachwerkkirche des Kirchenkreises Zerbst. Um 1545 entstand zunächst das Kirchenschiff und im 17. Jahrhundert der südliche Anbau. 1784 ließen die Gutsherren den großen Turm errichten und zwischen 1850 und 1890 wurde der nördliche Anbau hinzugefügt, so dass die Kirche heute einen kreuzförmigen Grundriss hat.
Das Innere besitzt eine Kassettendecke, die mit Wolken bemalt ist. Die Empore im Osten trägt die Orgel, die 1754 von J. C. Zuberbier aus Köthen erbaut wurde. Auf der Nordseite neben dem Altar ist ein Sakramentshaus erhalten, das grob aus einem Stamm gehauen ist. Der Taufstein stammt aus dem 18. Jahrhundert. In der Kirche finden sich verschiedene Epitaphien aus dem 18. Jahrhundert der Patronatsfamilie von Lattorf.
Herausragend ist die Bedeutung des Marien-Altares. Im Altarschrein aus der Zeit um 1500 stehen Maria mit dem Kind und die wesentlich kleineren Figuren der Hl. Gertrude von Nivelles und des Hl. Christopherus. Die Altarflügel mit Gemälden von Lucas Cranach d. Ä. wurden 1980 gestohlen. Nachdem sie wiederentdeckt wurden, ist der Altar seit 2012 wieder vollständig. Die Flügel zeigen Szenen aus dem Leben Marias: der geschlossene Altar trägt außen die Verkündigung an Maria, innen eine Seite Joachim und Anna unter der Goldenen Pforte mit dem knienden Stifter des Altares und die andere Seite die Geburt Marias. Dieser Altar war 1697 nach Klieken gelangt als Geschenk der Kommende Aken des Deutschen Ritterordens.
